История создания музея началась с обращения Ассоциации  татар Тюменского района с предложением открыть в селе музей истории и культуры сибирских татар. Ембаевский сельский Совет постановил выделить здание – памятник архитектуры IX в. из Ансамбля мечетей села Ембаево. Торжественное открытие музейного комплекса состоялось 9 февраля 1994 года.  В течении двух лет проходил сбор экспонатов и в 1996 году музей открыл свои двери для первых посетителей. Экспонаты для музейных экспозиций  были подарены жителями села Ембаево и деревни Тураево.

Со дня создания музея в настоящее время взято на учёт  фонда 3 508 экспонатов, данные предметы были классифицированы и обработаны. Все эти предметы датируются второй половиной XVIII – серединой XX столетия. Систематически фонды пополняются, и не только за счёт дарения сельскими жителями ,но людьми из  других населённых пунктов.

Основу деятельности музея составляет постоянная экспозиция. Она формируется из подлинных  экспонатов, прошедших предварительную научную обработку. В Ембаевском музее экспонаты расположены  в четырёх залах: “Этнографический”, Изба», где расположены предметы материальной культуры сибирских  татар, «Зал  боевой и трудовой славы», зал «Истории образования» , где хранятся документы  о выдающихся личностях с. Ембаево.

В фондах музея хранятся: коллекция документов и редких  книг. Хронологические рамки коллекции: н.XIX в. – современность. Коллекция содержит ряд  редких и уникальных предметов, отражающих  историю и культуру татарского населения  и имеющих историческую и художественную ценность.  Прежде всего, это рукопись «Мэсалэ», нач. XIX века на арабском языке, имеющая печать бухарского купца.  В музее также хранятся метрические книги с.Ембаево и Тураево , начало XX века на арабском языке. Коллекция нумизматики ,, значительную часть коллекции составляют монеты разного номинала и достоинства разных эпох. В музее имеется коллекция прикладного искусства, этнографии.

Предметы быта, свидетельствующие о далёком прошлом наших предков XIX-XX вв. Коллекция культовых предметов, живописи и скульптуры, научно- вспомогательный фонд, который состоит из газетных и журнальных вырезок, фотодокументального материала, включая современный.

Сотрудники знакомят посетителей не менее важной достопримечательностью — это архитектурный комплекс им. Нигматуллы хаджи Кармышакова – Сейдукова. Комплекс придаёт уникальность среди музеев области и привлекает туристов.

В связи с тем , что музей находится на территории духовного комплекса – (мечети и медресе), деятельность учреждения культуры осуществляется и с учётом духовных потребностей населения. Мечеть посещают множество верующих мусульман, а также люди  исповедующие другие конфессии.

Сотрудники музея ведут исследования жизни знаменитых селян-героев, ветеранов, династий, матерей – героинь. 

С февраля 2014 года создан фольклорно- этнографический коллектив «Сөйөнцө”, который занял призовое  место в районном татарском фольклорном фестивале и ” Халык сангате”.